请问
答复
虽然取得的3%的专票，但是允许计算抵扣9%，也就是允许抵扣9万元。
账务
会计处理如下：
借：库存商品-水产品 94万元
应交税费-应交增值税（进项税额） 9万元
贷：银行存款103万元
注意
注意一
一般纳税人取得小规模纳税人开具的3%的农产品专票时，进项税额抵扣时并非按照票面税额，而是计算抵扣，不是勾选认证抵扣。计算出税额后，把税额填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏申报即可。
注意二
纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，取得小规模纳税人开具的3%的农产品专票时，按照10%的扣除率计算进项税额。
注意三
大家要注意，虽然《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税等征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2022年第6号)明确，增值税小规模纳税人适用3%征收率应税销售收入免征增值税的，应按规定开具免税普通发票。但是一般纳税人购进农产品，取得小规模纳税人开具的免征增值税发票，不能计算抵扣进项税额。
参考
参考一
《财政部、税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）纳税人购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%（目前为9%）的扣除率计算进项税额。
注明：自2018年5月1日起，纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%。自2019年4月1日起，纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。
参考二
根据《财政部 国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》(财税字〔1995〕52号)附件第二条规定：“动物类 动物类包括人工养殖和天然生长的各种动物的初级产品。具体征税范围为：(一)水产品 水产品是指人工放养和人工捕捞的鱼、虾、蟹、鳖、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类、海兽类动物。本货物的征税范围包括鱼、虾、蟹、鳖、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类、海兽类、鱼苗(卵)、虾苗、蟹苗、贝苗(秧)，以及经冷冻、冷藏、盐渍等防腐处理和包装的水产品。 干制的鱼、虾、蟹、贝类、棘皮类、软体类、腔肠类，如干鱼、干虾、干虾仁、干贝等，以及未加工成工艺品的贝壳、珍珠，也属于本货物的征税范围。熟制的水产品和各类水产品的罐头，不属于本货物的征税范围。”
